E-Rechnungspflicht ab 2027: Warum Apotheken bis zu 19% Liquidität verlieren können

Warum die E-Rechnung zur Pflicht wird – und warum Sie JETZT handeln sollten

Mehr Liquidität, weniger Prüfungsstress, spürbar weniger Handarbeit: Genau das bringt Ihnen die E-Rechnung. Zugleich steht fest, dass für Ihre Apotheke mit einem Jahresumsatz von mehr als 800.000,00 € ab dem 01.01.2027 Papier- und PDF-Rechnungen nicht mehr als ordnungsgemäße Eingangsrechnungen gelten – und somit nicht mehr zum Vorsteuerabzug berechtigen.
So gerät eine betriebswirtschaftliche Notwendigkeit in den Fokus, die sich unmittelbar auf Ihren Cashflow, Ihren Gewinn und den Stress bei einer Betriebsprüfung auswirkt.

Hintergrund: Neue Anforderungen an B2B-Rechnungen

Das Bundesfinanzministerium hat in seinen Schreiben vom Oktober 2024 und Oktober 2025 klargestellt, dass B2B-Rechnungen über 250,00 € nur dann den gesetzlichen Vorgaben entsprechen, wenn sie einen strukturierten Datensatz enthalten – also eine XML-Datei.
Zukünftig erfüllen also weder eine reine PDF-Datei noch eine Papierrechnung diese Anforderung. Solche Belege gelten dann als sogenannte „sonstige Rechnungen“, genügen § 14 UStG nicht mehr und berechtigen deshalb nicht zum Vorsteuerabzug.
Das betrifft im Zweifel auch eine Restaurantrechnung über 250,00 €, die steuerlich geltend gemacht werden soll.

Beispielrechnung: So wirkt sich der Verlust der Vorsteuer aus

Ihr monatlicher Wareneinkauf und Ihre Kostenrechnungen betragen in Summe 150.000,00 €. Es ist davon auszugehen, dass der etablierte Großhandel bis zu dem genannten Datum weitgehend auf E-Rechnungen umgestellt hat. Verbleiben also konservativ 10 % für Direktlieferungen und Kostenpositionen von Lieferanten, die noch nicht auf die E-Rechnung umgestellt haben – also 15.000,00 €.
Entfällt hier die Vorsteuer, fehlen Ihnen 19 % bzw. 2.850,00 € Liquidität und Ertrag pro Monat.
Dieses Geld muss jedoch nicht verloren gehen, wenn Sie die Zeit jetzt nutzen, um kontinuierlich auf E-Rechnungen umzustellen.
Sollte trotzdem weiterhin Vorsteuer gezogen werden, obwohl das Rechnungsformat nicht mehr den Vorgaben entspricht, ist nicht nur eine Nachzahlung der zu Unrecht gezogenen Vorsteuer notwendig, sondern der Prüfer verliert zurecht das Vertrauen in die Ordnungsmäßigkeit Ihrer Buchführung.

Es drohen das Verwerfen der Buchführung und eine Hinzuschätzung. Ein zu Unrecht geltend gemachter Vorsteuerabzug kann darüber hinaus als leichtfertige Steuerverkürzung gewertet werden – mit allen damit verbundenen Konsequenzen.

Müssen ab 2027 alle Rechnungen im E-Format versendet werden?

Häufig wird gefragt, ob ab dem 01.01.2027 sämtliche Ausgangsrechnungen im E-Rechnungsformat verschickt werden müssen.
Die Pflicht betrifft ausschließlich B2B-Ausgangsrechnungen, also etwa an Arztpraxen, Pflegedienste oder Pflegeheime.
Privatkundinnen und -kunden sind davon nicht betroffen.

Eine E-Rechnung bringt viele Vorteile für Ihre Apotheke

• Der strukturierte Datensatz ermöglicht eine automatisierte Verarbeitung, spart Zeit und verhindert Übertragungsfehler. Pendelordner oder analoge Belegwege zur Steuerberatung entfallen.
• Mit der E-Rechnung wird Digitalisierung vom „Kann“ zum „Muss“ – und genau das entlastet Ihr Team im Alltag.
• E-Rechnungen sind zwingend revisionssicher zu archivieren. Moderne Systeme bieten leistungsfähige Suchfunktionen, mit denen Sie Belege finden statt suchen – das spart Zeit und Nerven.
• Maßgeblich sind im Zweifel die Daten der XML-Datei, nicht die menschenlesbaren Angaben im PDF. Eine automatisierte Validierung des XML-Datensatzes vor der Archivierung sorgt dafür, dass Form und Inhalt stimmen, ohne zusätzlichen Aufwand.
• Die Zeiten des Belegesuchens in der ganzen Apotheke gehören damit der Vergangenheit an.

GoBD-Konformität: Pflicht und Chance zugleich

Mit Einführung der E-Rechnungspflicht müssen weiterhin die GoBD-Richtlinien zwingend eingehalten werden.
GoBD-Konformität setzt eine vollständige Verfahrensdokumentation voraus – sie schafft Transparenz über Ihre kaufmännischen Abläufe, macht Schwachstellen sichtbar und erleichtert neuen Kolleginnen und Kollegen den Einstieg.
Ein internes Kontrollsystem schärft die Sinne für Konformitätsverletzungen und weist die Durchführung der definierten Kontrollmaßnahmen nach.
Eine strukturierte, digitale Rechnungsverarbeitung stärkt zudem die Effizienz Ihrer Apotheke und schafft Vertrauen bei Steuerberatung und Finanzverwaltung.

Was für Apotheken jetzt zu tun ist

Damit die Umstellung reibungslos gelingt, stellen Sie Ihre Apotheke rechtzeitig GoBD- und finanzamtkonform auf.
Setzen Sie das Ziel, ab dem dritten Quartal 2026 nur noch E-Rechnungen anzunehmen, um den Umstellungsprozess auch bei Ihren Lieferanten voranzutreiben. Dies sollte klar mit den Lieferanten kommuniziert und vereinbart sein, um Missverständnisse zu vermeiden.

Vorbereitende Maßnahmen:

• zentrales Rechnungseingangs-Postfach einrichten
• revisionssichere, GoBD-konforme E-Mail-Archivierung installieren
• revisionssicheres Archivsystem (DMS, Belegmanager) mit Unveränderbarkeitsnachweis nutzen
• digitale Datenübergabe an Ihre Steuerberatung über geeignete Schnittstellen sicherstellen
• Ihre Lieferanten vertraglich und operativ zur E-Rechnung verpflichten
• Ihre Verfahrensdokumentation als Unternehmenshandbuch der kaufmännischen Prozesse aktuell halten
• ab Q3/2026 PDF- und Papierrechnungen konsequent ablehnen nach vorheriger schriftlicher Vereinbarung mit Ihren Lieferanten