Verfahrensdokumentation – Ordnung mit Durchblick.

Mit der E-Rechnungspflicht im B2B-Bereich verändert sich die digitale Buchführung in deutschen Apotheken grundlegend. Seit dem 1. Januar 2025 müssen Apotheken strukturierte E-Rechnungen empfangen können. Ab dem 1. Januar 2027 sind ausschließlich XML-E-Rechnungen – zum Beispiel XRechnung oder ZUGFeRD – steuerlich gültig und berechtigen zum Vorsteuerabzug.

Diese Veränderungen bedeuten neue Pflichten. Sie eröffnen Apotheken jedoch gleichzeitig die Chance, dass digitale Strukturen gestärkt und Abläufe dauerhaft vereinfacht werden.

Was Tax Compliance im Apothekenbetrieb bedeutet

Tax Compliance umfasst alle organisatorischen, technischen und dokumentationsbezogenen Maßnahmen, die sicherstellen, dass steuerliche Anforderungen korrekt und vollständig erfüllt werden. Für Apotheken hat das besondere Relevanz, weil täglich große Mengen prüfungsrelevanter Daten entstehen.

Dazu gehören:

• die ordnungsgemäße Abbildung von Geschäftsvorfällen,
• die unveränderte und nachvollziehbare Speicherung digitaler Dokumente,
• eine dokumentierte Prozesslandschaft, die sich an den GoBD orientiert.

Die E-Rechnung verstärkt diese Anforderungen weiter: Fehlerhafte Formate, fehlende Pflichtfelder oder technische Geschäftsregelfehler können künftig dazu führen, dass eine E-Rechnung steuerlich nicht anerkannt wird.

Damit steigt unweigerlich die Bedeutung sauberer interner Abläufe.

Die Verfahrensdokumentation als zentrales Element

Mit der E-Rechnungspflicht rückt die Verfahrensdokumentation stärker in den Fokus. Sie beschreibt, wie Daten in der Apotheke erfasst, verarbeitet, geprüft und archiviert werden. Somit bildet sie das Rückgrat einer GoBD-konformen Buchführung.

Wesentlich ist, dass die Verfahrensdokumentation individuell auf die tatsächlichen Abläufe der Apotheke abgestimmt ist. Standardvorlagen oder unveränderte Muster erfüllen die GoBD-Anforderungen nicht. Gerade für Apotheken ist daher wichtig abzubilden,

• wie E-Rechnungen empfangen werden,
• wie Format- und Geschäftsregelfehler geprüft und behandelt werden,
• wie die Freigabe- und Buchungsprozesse aussehen,
• wie die XML-Dateien revisionssicher archiviert werden.

Eine unvollständige oder veraltete Dokumentation hingegen kann dazu führen, dass die Ordnungsmäßigkeit der gesamten Buchführung angezweifelt wird – selbst dann, wenn alle Zahlen inhaltlich korrekt sind.

Digitales Belegmanagement: Struktur statt Einzelprozesse

Mit der Einführung der E-Rechnung entsteht die Notwendigkeit eines durchgängig digitalen Belegmanagements. Rechnungen in Papierform oder als PDF werden ab 2027 nicht mehr akzeptiert; die XML-Datei ist das steuerliche Original.
Ein strukturiertes digitales Belegmanagement sorgt dafür, dass Belege zeitnah erfasst, korrekt zugeordnet und ohne Medienbrüche verarbeitet werden. Viele Apotheken, die ihre Prozesse frühzeitig digitalisiert haben, berichten inzwischen von geringerem Aufwand, deutlich klareren Abläufen und einer höheren Prozess-Qualität. Die E-Rechnung wird damit zu einem Impuls, dass digitale Strukturen sinnvoll und nachhaltig weiterentwickelt werden.

Revisionssichere Archivierung als gesetzliche Pflicht

Die GoBD verlangen, dass steuerrelevante Daten – insbesondere E-Rechnungen – unveränderbar, vollständig und über zehn Jahre hinweg sicher archiviert werden. Mit der E-Rechnungspflicht wird dies noch bedeutsamer, da ausschließlich die XML-Datei als Original gilt.
Ein revisionssicheres Archivsystem muss gewährleisten, dass Dateien unverändert gespeichert, Protokolle vollständig geführt und die Daten bei Bedarf maschinell auswertbar bereitgestellt werden können. Die Anforderungen an den Z3-Datenzugriff der Finanzverwaltung machen eine klare Struktur und Exportfähigkeit notwendig.

Datenschutz und IT-Sicherheit als Bestandteil der Tax Compliance

Apotheken verarbeiten sowohl personenbezogene als auch steuerlich relevante Daten. Deshalb müssen technische und organisatorische Maßnahmen getroffen werden, die den Zugriff regeln, die Daten schützen und die Systeme stabil halten.

Dazu gehören angemessene Rollen- und Rechtekonzepte, sichere IT-Infrastrukturen, regelmäßige Updates sowie Schulungen im Umgang mit digitalen Systemen. Sie bilden die Grundlage dafür, dass Daten vollständig, korrekt und unverändert vorliegen.

Mehr Effizienz durch sichere Prozesse

Tax Compliance schafft Rechtssicherheit und verbessert die Abläufe im Apothekenbetrieb. Strukturierte digitale Prozesse führen zu weniger manuellen Tätigkeiten, geringeren Fehlerquoten und einer deutlich besseren Vorbereitung auf Betriebsprüfungen.

Wer die gesetzlichen Anforderungen als Anlass nutzt, interne Abläufe zu modernisieren, profitiert langfristig von mehr Effizienz, höherer Transparenz und einer verlässlicheren finanziellen Steuerung.

Fazit: Die E-Rechnungspflicht macht Tax Compliance zur zentralen Grundlage

Durch die gesetzliche Einführung der E-Rechnung müssen Apotheken Ihre Prozesse neu bewerten und dokumentieren. Tax Compliance liefert dafür den stabilen Rahmen: Sie schafft Transparenz, Nachvollziehbarkeit und die Sicherheit, dass digitale Daten korrekt verarbeitet werden.

Apotheken, die die kommenden Veränderungen aktiv gestalten, schaffen sich klare Vorteile: weniger Komplexität, mehr Struktur und eine solide Basis für digitale, effiziente und prüfbare Arbeitsabläufe.